Что делать с маркированной обувью при «закрытии» и повторной регистрации в качестве ИП?

Ничего. Мы нашли =)
Как действовать в похожей ситуации, разъяснил Минпромторг:
1) ИП вправе передать товар родственникам «физикам» — строго на основании договора. Допускаются следующие формы перехода прав собственности на товар: безвозмездная передача, уступка прав, отступное или новация.
2) Ввести обувь в оборот снова можно, оформив возврат. Причем если сохранятся все идентификаторы, перемаркировывать товар не нужно.
3) В «Честный ЗНАК» нужно будет передать следующие сведения: ИНН предпринимателя (другого или вновь созданного), сами идентификаторы (коды маркировки), реквизиты документов, подтверждающих возврат товара.