Может ли аптека продавать товары, фактические находящиеся у нее, но не поставленные на баланс?

Давайте отделим «мухи от котлет».

1. Упомянутое вами постановление касалось именно процедуры. На определенном этапе работы «Честного ЗНАКа» случился сбой, серьезно повлиявший на работу учреждений здравоохранения. Чтобы облегчить участникам оборота маркированных лекарств логистику и учет, Правительство РФ приняло решение временно упростить процедуры регистрации в системе.
   
   
2. Любое принадлежащее организации имущество сразу в базу не попадает и какое-то время может в ней не отражаться. Например, кто-то из сотрудников затянул с отчетом и не внес необходимые данные в информационную систему предприятия. Право собственности на имущество переходит вне зависимости от его фиксации в базе предприятия. Если товар пришел от поставщика, успешно принят, а все необходимые бумаги оформлены и подписаны, им можно распоряжаться.
   
   
3. Система «Честный ЗНАК» создана для отслеживания логистического пути товара. Учетные нюансы — такие, как, например, подтверждение приемки товара от поставщика — влияют, в первую очередь, на логистику, но не на право собственности. То есть ваша задача — вовремя предоставить системе прослеживания необходимую информацию.
   

Следовательно, ответ на первый вопрос: нет, нельзя. Получится, что вы продаете то, чего нет. Это чисто учетно-логистический момент.
Ответ на второй вопрос: нет, не считаются. Приобретенные вами, оплаченные и оформленные товары — ваши. Другое дело, что перед реализацией их обязательно нужно поставить на баланс.